Για την εκπόνηση των μελετών της ΑΜΕΚ ΟΕ, ακολουθείται διαφορετική μεθοδολογική προσέγγιση από τους υπεύθυνους των έργων σε σχέση με το αντικείμενο του έργου, το κανονιστικό πλαίσιο και τις ανάγκες του. Οι εφαρμοζόμενες μεθοδολογίες στα έργα χωρίζονται σε δύο μεγάλες κατηγορίες.

Όσο αφορά στα επιδοτούμενα προγράμματα ακολουθείται πιστά ο κανονισμός υλοποίησης κάθε ξεχωριστού προγράμματος, τόσο στην φάση εκπόνησης όσο και για την φάση υλοποίησης και διαχείρισης του.

Όσο αφορά στην εκπόνηση γενικότερα των μελετών, υλοποιούνται μέσω των κάτωθι σταδίων:

• Οργάνωση και σχεδιασμός του έργου
• Καταγραφή και ανάλυση υφιστάμενης κατάστασης
• Εκπόνηση της μελέτης
• Εκπαίδευση και έλεγχος για σωστή εφαρμογή της μελέτης

Στόχος της εφαρμοζόμενης μεθοδολογίας, σε κάθε περίπτωση είναι η διασφάλιση των συμφερόντων και των αναγκών των επιχειρήσεων και η όσο το δυνατόν αποδοτικότερη εφαρμογή τους .